O artigo Por que devo desinstalar versões mais antigas do Java do meu sistema? afirma:
In the past, each Java update was installed in a separate directory on your system. However, Java updates are now installed in a single directory.
Portanto, desde que começaram a fazer isso, versões mais recentes (ou atualizações de versões secundárias, pelo menos) devem substituir as antigas. No entanto, é altamente recomendado que você vá para Adicionar / Remover Programas (Programas e Recursos) e desinstale todas as versões mais antigas do Java (JRE) que você detectar, exceto as mais recentes.