O suporte a ext fs no FreeBSD está longe de ser perfeito. Você pode ser capaz de ler / escrever ext2fs. Você pode ser capaz de ler ext3 / ext4 (mesmo que seja um grande se , mas eu não confiaria nele para escrever nada. Veja o que Wiki do FreeBSD diz.
O FreeNAS não deve formatar seu disco, a menos que você faça isso sozinho.