É melhor não mexer em onde o gerenciador de pacotes coloca arquivos; ele depende de saber onde colocar as coisas para poder atualizar.
As distribuições Linux normalmente usam alguma variante do Padrão de Hierarquia do Sistema de Arquivos , que define onde a maioria dos arquivos deve ser colocada. A maioria dos pacotes .deb nos arquivos adere a este padrão.
Por um lado, isso facilita a instalação do software empacotado - ele não pergunta onde você deseja instalá-lo. Por outro lado, pode torná-lo mais misterioso. O típico pacote .deb colocará arquivos em várias pastas.
Apesar de não controlar onde eu instalo pacotes (na maior parte, eu instalo pacotes que são downloads manuais em /opt
), não é algo que me preocupa diariamente. Eu só confio que as coisas vão ser instaladas no lugar certo, e até agora, parece estar certo: -)
Se você quiser ver exatamente quais arquivos um pacote instalou e onde, o Synaptic (o gerenciador de pacotes de GUI avançado, não instalado por padrão) mostrará a você, depois de instalar o pacote. Ou navegue pelo pacote no link ou abra o pacote no Gerenciador de arquivos.