Eu tive um problema semelhante há algum tempo atrás ... O problema era que eu tinha um perfil iniciado na inicialização e tive que salvar as alterações nesse perfil - para tornar as alterações permanentes.
Seguindo a minha pergunta aqui:
Atalho de teclado para "abrir um terminal aqui"
Descobri que meus níveis são esquecidos após uma reinicialização e precisam ser atribuídos novamente. Por que isso e como posso fazer com que eles se "colem" permanentemente?
Eu tive um problema semelhante há algum tempo atrás ... O problema era que eu tinha um perfil iniciado na inicialização e tive que salvar as alterações nesse perfil - para tornar as alterações permanentes.
A causa dos seus problemas é que o Gnome em geral e o Nautilus em particular não são projetados para serem facilmente configuráveis.
Eu recomendaria tentar usar um navegador de arquivos mais completo e o DE.