A instalação do pacote "samba" também deve ter instalado o pacote "samba-common", que contém o arquivo /etc/samba/smb.conf.
Muitas coisas dependem do samba-comum (incluindo, indiretamente, o GNOME), então você provavelmente o instalou antes de instalar o Samba. Talvez esse diretório tenha sido excluído por acidente em algum momento?
Você deve ser capaz de criá-lo novamente do zero, reinstalando o pacote samba-common ou simplesmente criando-o manualmente. O único arquivo que realmente importa nesse diretório é o smb.conf.