Na linha de comando, você pode usar o ffmpeg da seguinte forma:
ffmpeg -i input.mp4 -c copy -t 00:01:00 output.mp4
Para fazer todos os * .mp4 em um diretório, você pode utilizar um loop:
for f in *.mp4; do ffmpeg -i "$f" -c copy -t 00:01:00 "${f/.mp4/-short.mp4}"; done
Você pode obter mais informações sobre como procurar com ffmpeg aqui .