Você tem um software anti-malware instalado? Alguns podem ser muito agressivos e escanear todos os arquivos, todas as vezes. Além disso, ter mais de uma dessas ferramentas pode criar problemas. Um deles deve estar ativo. Se não, tente e faça a varredura.
Você tem o Skype instalado e em execução? Ele pode criar problemas se se tornar um "supernode" Eu já vi isso várias vezes e realmente arrasta o sistema.
Você já fez uma varredura de malware?
Defrag o disco?
Algum software instalado recentemente ou hardware alterado?