Acho que você precisa citar %%~fI
à medida que se expande para um caminho com espaços.
FOR /R "D:\Virtual Servers (Testing)\CourseWare Master\Shared\Jenison\Version1.2\" %%I IN (tracking.js*) DO COPY /Y "D:\Virtual Servers (Testing)\CourseWare Master\Shared\Jenison\tracking.js" "%%~fI"