Mal, as permissões erradas foram definidas no arquivo.
Certifique-se de usar 755.
Examinei um pouco na Web e não consigo encontrar uma solução para isso. Tanto quanto sei, eu tenho o arquivo .rtorrent.rc no diretório correto, mas o rtorrent se recusa a reconhecer que ele está lá. O arquivo não foi baixado automaticamente como deveria, então encontrei um na Internet e o coloquei no meu diretório pessoal. Abaixo está uma imagem para onde eu encontrei o arquivo. Está no fundo. Meu nome de usuário é tcochran.
Este é o rtorrent mais recente, supondo que o apt-get esteja atualizado ... e eu estou executando o Ubuntu Server 12.04 LTS.
Então, não vejo por que o rTorrent não usa o arquivo quando está no local correto.