A diferença é que eles são sistemas operacionais completamente diferentes , começando da maioria das ferramentas de administração, até os diferentes formatos binários e modelos de driver. Veja: link Isso descreve uma parte do kernel, e userspace está tendo quaisquer utilitários que a Apple desejasse incluir: auto-escrita; ou vindo do GNU, algum BSD ou outra fonte. Integrar alguns componentes do BSD (principalmente invisíveis, com os quais o usuário ou mesmo um desenvolvedor de qualquer tipo provavelmente nunca lidará) no OS X não o torna automaticamente comum ao FreeBSD.
Instalar o Darwin lhe dará uma compreensão mais próxima da base de Darwin do OS X, e isso é tudo. Listar as rotinas do dia-a-dia em uma resposta tornará enormemente grande e também tomará muito tempo. Por favor, consulte-se usando o Google ou parte da administração via CLI de qualquer um dos muitos livros de administração do OS X disponíveis. Mas note que as habilidades alcançadas não vão te aproximar do OS X, já que a maior parte da configuração é preferível a ser feita via GUI, mesmo nos servidores.