Por padrão, as ferramentas de gerenciamento de arquivos, como ls , dir ou até mesmo o gerenciador de arquivos gráficos, não mostram arquivos ou diretórios ocultos (aqueles em que o nome começa com ponto, por exemplo, .ipython ). É por isso que mkdir está informando que ele já existe, mesmo que você não possa vê-lo usando ls ou o gerenciador de arquivos.
Para ver arquivos ocultos, você pode usar ls -a (do ls manpage: " -a , --all não ignora entradas iniciadas com . ") ou, no gerenciador de arquivos gráficos ( Nautilus), pressione Ctrl + H para mostrar arquivos e diretórios ocultos.