Se você deseja iniciá-los ao mesmo tempo, use start
start MsiExec.exe /i{5577B8F7-A4A8-451E-BDE1-471E52825904}
start "" "C:\Program Files\InstallShield Installation Information{4D9CA1B8-5FF5-47A7-8BDF-C37D1F9F55A5}\setup.exe" -runfromtemp -l0x0009 -removeonly -uninst
No entanto, se ambos forem MSI, você poderá receber um erro dizendo que não é possível desinstalar até que o outro termine.