Você está falando de rolagem "bump", acredito, e não pode ser desativado no visualizador RealVNC. Esse é um recurso do visualizador quando você está no modo de tela inteira e está conectado a um servidor maior do que o seu.
Se você quisesse evitá-lo, não seria possível executar a tela inteira do visualizador, mas apenas maximizar a janela da área de trabalho. Dessa forma, a janela do visualizador só rolaria se você arrastasse as barras de rolagem horizontais / verticais.
Você também pode configurar o visualizador para dimensionar para o tamanho da janela, enquanto em tela cheia, dessa forma você veria toda a tela para que não houvesse nada para rolar.