Eu não tenho experiência em primeira mão com o deja-dup, mas de acordo com o Google, ele usa a duplicidade que, por sua vez, usa o tar para seus arquivos de backup. É da natureza do tar que ele não suporta o acesso direto aos arquivos, mas precisa varrer o arquivo até encontrar o arquivo desejado. Existem formatos alternativos de arquivamento, como dar, que fornecem acesso direto a arquivos. Portanto, se o acesso rápido a arquivos únicos for um requisito para você, outra solução de backup poderá fazer um trabalho melhor para você.