Você pode usar algo como OSFMount ou dd para Windows.
No meu caso, eu simplesmente substituí a unidade, inicializei novamente usando o LiveCD, montei a imagem dd (na verdade, ddrescue) diretamente da minha unidade externa, depois copiei o que eu queria para a unidade interna (não escrevi de volta a imagem inteira, uma vez que veio de uma unidade com falha e, portanto, tinha lacunas).