Brinquei com isso um pouco mais e acho que encontrei uma solução. Pelo menos parece funcionar.
Na guia Configurações do Jogo do Setpoint, defino Velocidade e Aceleração para a Implementação do SetPoint e desmarcada Retain OS Settings. Eu também desmarcada a Detecção de Jogos "Ativada".
No Advanced Settinsg, desmarcou "Ativar configurações de botão específicas do aplicativo".
Isso parece forçar o Setpoint a ignorar o contador de configurações do sistema operacional e evitar alterações na abertura de novos aplicativos. Exatamente o que eu estava procurando.
Espero que isso ajude os outros.