Se você não conseguir abrir dois documentos Excel separados em sua própria instância do Excel, a única solução que encontrei foi acessar menu = > excel options = > advanced = > general = > altere a configuração de ignorar outros aplicativos que usam DDE.
Isso funcionou para mim, mas quando eu mudei, tive problemas para abrir documentos, só consegui abri-los através do Excel = > abrir. Espero que isso não aconteça com você.
E sobre a atualização ao vivo. A melhor coisa que posso fazer é usar o Windows Live Mesh ou o Dropbox. Os arquivos seriam atualizados quase instantaneamente depois de pressionar "salvar". Mas você teria que reabrir o outro documento ...