Agarre um livecd e comece com alguns testes básicos.
Comece com o memtest (para ter certeza de que o seu ram está bom) e trabalhe o seu caminho para baixo. Eu sugeriria executar smartmontools
e executar um teste estendido. Olhe para a idade avançada e problemas relacionados pré-falha - acho que estes são os principais motivos de desaceleração dos discos rígidos.
Esta pergunta no serverfault sugere Algumas ferramentas também devem ser usadas. parâmetros de pesquisa que eu usei você quer vasculhar SF por mais idéias.
Finalmente, você tentou apenas trocar as unidades por outras conhecidas para ver se isso faz diferença?