Consegui resolver o problema. Ocorreu ao substituir o ícone do CMD por um ícone de uma pasta de aplicativos. De alguma forma, o Windows usa esse ícone sempre que uma janela do CMD é aberta, e não apenas no caso específico de abrir o atalho que executa o arquivo bat.
De qualquer forma, para evitar esse comportamento, não escolha um ícone de uma pasta de aplicativo, mas copie o ícone que você deseja para um local diferente e renomeie-o para evitar qualquer comportamento enganoso.