Isso acabou sendo causado por um bug no emacs 24.0.95 quando aberto no modo daemon. O Emacs havia escrito 38 GB de dados de log para o arquivo .xsession-errors, que estava fazendo com que meu espaço em disco desaparecesse. Se você tiver esse problema, apenas atualize o emacs. Eu acabei compilando 24.1.1 da fonte.
Para ver se o emacs está causando isso, abra o arquivo .xsession-errors e veja se você vê muitas linhas com o texto
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