Uma placa PCIe2.0 só será executada em PCIe2.0 mesmo se você usar um slot PCIe3.0
Além disso, você precisa de um processador Ivy Bridge para usar o PCIe3.0
Apesar de 3.0 = 2x2.0, isso é por rota
A largura de banda não será realocada entre mais faixas, como você espera que seja
Além disso, a diferença de desempenho deve ser mínima entre 8x / 8x e 16x / 16x, então duvido que você deva se preocupar com isso