Estou usando espaços de trabalho desde meados dos anos 90 e posso dizer que, se você os estiver usando para separar aplicativos diferentes, está errado. Você já tem ícones de encaixe para alternar entre aplicativos.
Os espaços de trabalho são recursos importantes quando você os organiza por projetos ou tarefas. Normalmente eu mantenho o primeiro espaço de trabalho para o Skype, e-mail e navegação geral na web. Os outros espaços de trabalho são usados para uma tarefa ou projeto cada. Eu normalmente tenho uma janela do navegador da web em cada área de trabalho contendo todas as guias do navegador relacionadas à tarefa. Junto com essa janela do navegador, há outros aplicativos, como ambiente de desenvolvimento, editores de texto, pastas e terminais do nautilus relacionados à tarefa.
Se estou fazendo alguma edição de imagem, por exemplo, abro em um espaço de trabalho, os programas de edição de imagens, pastas nautilus e uma janela do navegador da web contendo guias com pesquisas relacionadas à obra de arte que estou criando. Se eu precisar mudar para programação, eu apenas mudo o espaço de trabalho e recebo todos os meus aplicativos relacionados à programação e guias do navegador. Eu posso então voltar para o meu material de edição de imagem, mudando de espaço de trabalho novamente.
Às vezes, coloco um projeto de lado por alguns dias e mantenho todos os programas relacionados e as guias do navegador abertas. Se alguém me chamar para fazer uma pergunta sobre o projeto que reservo, posso mudar para o seu espaço de trabalho, procurar algumas coisas para eles e voltar ao que eu estava fazendo antes em alguns segundos.