O Pidgin permite agrupar grupos. Não tenho conhecimento de nenhuma maneira de bloquear grupos do lado do servidor na inicialização - o Pidgin foi projetado para sincronizar com as listas do lado do servidor - mas, no mínimo, você deve conseguir reunir todos os grupos com os quais não se importa e simplesmente copie as pessoas com as quais você faz se comunicar com um novo grupo que você pode deixar expandido.
O Pidgin lembra o estado de expansão dos grupos entre invocações, portanto, isso permitirá que você, pelo menos, oculte as pessoas (se não os grupos) que você não está interessado em rastrear na sua lista de amigos. Isso é certamente uma melhoria, se não necessariamente a solução que você esperava.