Qual programa de conversão você está usando para converter o vídeo? Certifique-se de que seu FPS de saída esteja pelo menos 24 ou próximo. O seu conversor talvez exiba o vídeo em um FPS baixo por padrão, o motivo do movimento não fluido. Também verifique se você está definindo uma boa taxa de bits para a saída.
Alguns programas gratuitos fáceis de usar: