Não consigo pensar em uma maneira automática de fazer isso, mas recomendo que você baixe a audácia e edite os arquivos de áudio.
O Audacity é apenas um software de edição de áudio gratuito, mas você pode usar qualquer coisa. Independentemente do que você usa, acho que cortar o início do segundo arquivo com a informação redundante fora e, em seguida, colocar os dois arquivos de volta para trás e salvá-los em um WAV ou FLAC ou MP3.
Se você fizer isso, você terá que editar manualmente a planilha para o tempo de cada capítulo, mas isso realmente não deve demorar mais do que 5 minutos.
Boa sorte!