Você precisa desativar o UAC para evitar o pop-up. Além disso, a conta SYSTEM possui privilégios mais altos do que a conta do Administrador no Windows, no sentido de que muitas modificações no nível do sistema só podem ser feitas através da conta SYSTEM, como fazer chamadas do sistema, gerenciamento de memória, etc. Você precisará de direitos de administrador, mas essencialmente eles serão executados no contexto da conta SYSTEM.