Eu tive o mesmo problema. Funcionou executando o seguinte:
sudo dpkg -i --force-overwrite /var/cache/apt/archives/apache2-bin_2.4.16-3+deb.sury.org~precise+1_amd64.deb
sudo dpkg -i --force-overwrite /var/cache/apt/archives/apache2-data_2.4.16-3+deb.sury.org~precise+1_all.deb
sudo dpkg -i --force-overwrite /var/cache/apt/archives/apache2_2.4.16-3+deb.sury.org~precise+1_amd64.deb
Depois disso, o sudo "apt-get -f install" funcionou bem!