Os PDFs podem ter duas senhas: uma para visualizar o PDF, outra para remover proteções, como proteção contra cópia, etc.
A partir das tags da sua pergunta, suponho que você queira remover as proteções, como proteção contra cópia, etc. E suponho que você saiba que não deve burlar os direitos autorais etc. etc.
Se o seu utilitário de código aberto for capaz de aceitar ambas as senhas, então sim, você pode remover a proteção para poder copiar algo do pdf. Em geral, esses programas aceitam apenas uma senha, a visualização.