O OS X, embora tenha um usuário root, não o mantém ativo. Você removeu privilégios administrativos da sua conta de usuário? Nenhum dos seus documentos ou downloads são de propriedade do root, e a exclusão do usuário root não os afetaria (você teria problemas para inicializar, eu acho). Parece que você acidentalmente tentou excluir sua pasta raiz ( rm -rf / ), que começou a invadir sua conta de usuário, mas deixou o restante do sistema em paz.
Eu aconselho tentar criar uma nova conta de usuário no Terminal (consulte aqui para instruções sobre como fazer isso), e depois ver se tudo está funcionando bem a partir daí. Se eles são, então você pode querer começar a procurar em algum software de recuperação de arquivos HFS + - os documentos / downloads que estão faltando, provavelmente foram excluídos.
Quando terminar de recuperar os arquivos, você provavelmente desejará acessar facilmente os arquivos antigos na conta do usuário antigo. Execute sudo chmod -R o+r /Users/oldusername em que oldusername é o nome abreviado da conta de usuário antiga. Você pode ls -l /Users se não se lembra. Isso permitirá que todos os usuários no sistema, incluindo a nova conta de usuário, leiam os arquivos antigos dos usuários. Copie o que você deseja salvar e, em seguida, exclua a conta de usuário antiga.