A maneira correta de impedir que o chkdsk seja executado na inicialização é usar chkntfs
:
chkntfs /x c:
Onde c:
é a unidade que você está excluindo da verificação de disco. Você pode usar várias unidades como argumentos assim:
chkntfs /x c: d:
Explicação dos vários interruptores:
C:\Documents and Settings\Administrator>chkntfs /? Displays or modifies the checking of disk at boot time. CHKNTFS volume [...] CHKNTFS /D CHKNTFS /T[:time] CHKNTFS /X volume [...] CHKNTFS /C volume [...] volume Specifies the drive letter (followed by a colon), mount point, or volume name. /D Restores the machine to the default behavior; all drives are checked at boot time and chkdsk is run on those that are dirty. /T:time Changes the AUTOCHK initiation countdown time to the specified amount of time in seconds. If time is not specified, displays the current setting. /X Excludes a drive from the default boot-time check. Excluded drives are not accumulated between command invocations. /C Schedules a drive to be checked at boot time; chkdsk will run if the drive is dirty. If no switches are specified, CHKNTFS will display if the specified drive is dirty or scheduled to be checked on next reboot.
Veja isso aqui: -
Por que o CHKDSK correr toda vez que eu inicializar minha máquina com Windows 7?