Tenho certeza (por experiência) que o sistema instalado pelo wubi será afetado; você inicializa através do bootloader do windows e é armazenado em uma "partição virtual" (ou seja, um arquivo grande) dentro do windows. Melhor cenário é recuperá-lo com wubi, pior (e minha experiência) é o sistema torna-se irrecuperável. No entanto, qualquer outro sistema não seria afetado.