Não, infelizmente, os desenvolvedores decidiram remover a capacidade de executar JavaScript de o Omnibar (como você pode com outros navegadores) ou motores de busca personalizados. (Esse é um dos motivos pelos quais me recuso a atualizar o Chrome porque me acostumei a executar utilitários JavaScript como decodificação de URL ou codificação de base64 do Omnibar - eles nem permitem que você crie um mecanismo personalizado (estático) sem incluir forçosamente uma string digitada.)
Eles propõem que você use o console (sim, é muito menos conveniente, mas funciona). Como você disse, a desculpa é para questões de segurança (os devs se encarregaram de proteger incondicionalmente o mundo de si mesmo, não importa o quê). Apesar das objeções e fundamentos, não há sinalizador ou configuração que possa ativá-lo, e os problemas implorando ou estrelando serão não mudam de idéia (os desenvolvedores são obstinados e pretendem transformar o Chrome em um navegador Fisher-Price seguro o suficiente para até mesmo o" noobiest noob ").
No entanto, existe um loop-hole. Eu gostaria de poder dizer que foi intencionalmente deixado em aberto para pessoas que propositalmente pretendem usar o JavaScript do Omnibar, mas é ostensivamente apenas um descuido. Como tal, pode eventualmente ser fechado, mas por enquanto (funciona na versão 28), você pode fazê-lo antecipando um espaço simples. Em vez de digitar isso no Omnibar (que simplesmente esvazia o Omnibar e não faz nada):
javascript:alert('Woot!');
Adicione um espaço ao começo:
␣javascript:alert('Woot!');