No primeiro caso, as configurações do console são armazenadas no próprio atalho (dentro do arquivo .lnk ), então elas só se aplicam quando o atalho é clicado. No segundo caso, o atalho não está sendo usado - você executa o executável diretamente. Ter o Windows verificando a existência de .lnk é impraticável. Mas se você rodar seu programa desta forma, e então ajustar as configurações da fonte, elas serão armazenadas no Registro 1 , vinculado ao título inicial da janela do console 2 , e deve aplicar-se ao programa, não importa como ele é iniciado (a menos que eles sejam substituídos pelas configurações de um atalho).
1 O local do Registro é HKCU\Console , um local específico do usuário (mas pode ser implantado automaticamente usando a Diretiva de Grupo).
2 Às vezes é o título da janela, mas às vezes é o caminho completo do executável. Na verdade, não tenho certeza do que é usado quando.