Bem, a solução bastante mundana e menos que ideal para essa pergunta é:
- Preferências do sistema > Contas > Desmarque a opção "Ativar controles dos pais".
- Reiniciar
- Preferências do sistema > Contas > Marque a opção "Ativar controles dos pais".
Agora, todas as instâncias extras desapareceram dos aplicativos permitidos no Controle dos Pais.
A desvantagem é que você precisa verificar novamente ou desmarcar os aplicativos conforme desejado.
Seria ótimo ter um comando unix para fazer um trabalho mais elegante.