Em primeiro lugar, é quase sempre melhor direcionar o RAID 10 em vez do RAID 5. É mais rápido e seguro (com o custo de algum espaço em disco).
Quanto à sua questão de rpm, sim, a unidade mais lenta irá desacelerar toda a matriz, se o seu controlador permitir que você crie a matriz, mas não é tão ruim quanto se todas as unidades estivessem em 5900rpm.
Você também terá que sofrer uma reconstrução quando a nova unidade chegar. Realmente, você estará bem muito melhor se conseguir colocar uma corrida na sua RMA e aguardar a chegada da nova unidade.