Verifique se o VirtualBox não está definindo a VM como "imutável", isto é, revertendo-a de volta ao estado inicial, uma vez que ela seja desligada. embora útil às vezes, eu podia ver como uma imagem imutável poderia estar causando problemas se não fosse o efeito desejado.
Verifique o link para mais informações.
Noções básicas sobre e configuração de discos rígidos do Virtualbox