OK, havia uma maneira mais robusta de tentar remover esse arquivo e funcionou: inicializei o computador em usuário único mode (Apple-S), verificou o disco com /sbin/fsck -fy e montou-o como um disco gravável com /sbin/mount -uw / (conforme indicado nas mensagens impressas no modo de usuário único). Remover o diretório com rm -R (como sempre) funcionou.
Eu diria que, por algum motivo, os arquivos no diretório que não puderam ser removidos foram usados (indevidamente) por algum programa, o que fez o computador parar…