A senha não tem nada a ver com my.cnf
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O MySQL possui um dicionário de dados, onde as contas de usuários são armazenadas. A conta sysadmin padrão do MySQL é denominada 'root'. Na verdade, existem duas maneiras diferentes de redefinir a senha da conta raiz no Windows:
- Criando um script que é executado na inicialização usando uma opção de linha de comando
- Definindo uma opção de linha de comando que diz ao MySQL para não implementar segurança, o que permite que você faça login, altere a senha e, em seguida, reinicie-a
Ambos os métodos são documentados passo a passo aqui:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/resetting-permissions.html#resetting-permissions-windows