Você deve verificar JAVA_HOME, CLASSPATH e quaisquer outros bits do ambiente que o java possa se importar. O ambiente no console e no mintty não será necessariamente o mesmo, porque, por exemplo, o console geralmente é chamado pelo Cygwin.bat, enquanto mintty não é, então se você configurou alguma coisa no Cygwin.bat, ele ganhou ' t aparecer em sessões de hortelã.