at é uma fera engraçada. Seu comportamento padrão é enviar para você o que quer que a saída tenha sido stdout ou stderr. Redirecionar sua saída é um negócio chato que funciona intermitentemente dependendo do sistema.
Se você quiser brincar com at , eu recomendaria encontrar um programa para iniciar ou parar, ou escrever um script e lançar a saída em um arquivo de texto da seguinte forma:
at -m -f script.sh now + 2 minutes > outfile.txt 2>&1
Não se esqueça do 2>&1 no final; ele redireciona stdout e stderr.
Sua sintaxe está correta, então esse não é o problema - o problema aqui é com at .