Os fãs de 120 mm tendem a ficar quietos, por isso acho que é o ventilador da CPU. Eu verificaria algumas coisas - qual é a ventoinha de 120mm conectada? se é um conector molex só então é prolífico rodando a uma velocidade fixa. Os ventiladores da CPU são definitivamente controláveis pela placa-mãe
Além disso, muitos casos têm seus próprios seletores de velocidade de ventilador ou há addons opcionais para isso. As chances são de que eles não sejam controláveis por software.