Eu tenho:
- A mesma versão do Chrome
- A mesma versão do Flash
- Mac OSX 10.6.8
Não vejo o Tempermonkey disponível no Google Extensions, mas instalo o XML Tree e não consegui reproduzir o problema.
Eu vejo algo chamado Tampermonkey, e isso definitivamente poderia estar causando o seu problema. Eu tentaria desinstalá-lo e reiniciar o Chrome para verificar. Se assim for, você provavelmente instalou um script que removeu o youtube. Percorra os scripts instalados e remova-os até encontrar o seu problema.
Editar: pode ser um problema rápido se você também estiver vendo um problema com vídeos em HTML5.