Nunca enfrentei nenhum problema (Windows 7, 64 bits) ao tentar muitos dos temas que exigem essas substituições. No entanto, ainda posso pensar em algumas coisas que você pode tentar:
Verifique se o seu programa de arquivamento é de 64 bits. Caso contrário, ele acabará extraindo os arquivos para a pasta de armazenamento virtual SysWOW64
em vez de System32
. Eu recomendo 7-Zip .
Se você não conseguir obter uma versão de 64 bits do seu programa de arquivamento, extraia os arquivos para outra pasta (o Desktop funciona melhor) e copie-os usando o Windows Explorer.
Na chance de que isso também falhe, ou se você não quer arriscar comprometer seu sistema, você também pode usar algo como Anolis Resourcer para extrair os recursos relevantes dos arquivos de sistema corrigidos e adicioná-los às suas versões. Isso também pode reduzir incompatibilidades com Service Packs ou outras atualizações entre o computador e o computador do autor do tema.