Finalmente consegui resolver isso de uma forma indireta. Meu laptop já estava instalado com o Windows 7 e eu estava tentando fazer o boot duplo, instalando o Win2008 R2 em uma partição diferente. Então, como último recurso, tentei inicializar a instalação do Win2008 R2, fazendo logon no Win7 e acessando a configuração a partir da unidade de DVD. para o meu destino um erro apareceu, que diz "formato não suportado" algo assim.
Para resolver isso eu instalei MagicISO carregou a imagem iso para Win2008 R2, extrai os arquivos para uma partição no meu laptop e iniciou a instalação a partir daí. Tudo correu perfeitamente bem.
O problema que eu publiquei aparece apenas ao tentar inicializar a partir do DVD.