Salve as imagens do seu ícone como formato .png e use essa ferramenta para compilá-las em um único arquivo .ico:
png2ico - Conversor PNG para ícone (Linux, Unix, GNU, Windows, ...)
link
A beleza desta ferramenta (e de ferramentas semelhantes) é que ela pode salvar vários tamanhos em um único arquivo .ico para que o destino possa exibir o tamanho que melhor se adapta (por exemplo, se um usuário ampliar a exibição de ícones, o tamanho de resolução mais alta pode ser exibido em vez do minúsculo ampliado para uma imagem de melhor qualidade).
Esta é uma ferramenta de linha de comando, que também é interessante para fins de automação, mas também porque você tem controle total sobre o que está acontecendo, o que nem sempre é típico das GUIs.