Bem, o problema parece ter sido resolvido (não consigo mais atrasos ao iniciar aplicativos após a inicialização). Não tenho 100% de certeza de como isso foi resolvido, mas suspeito que seja um (ou ambos) dos seguintes:
1) O problema foi resolvido ao longo do tempo (após cerca de uma semana e meia das atualizações originais do Windows).
2) Eu tinha desativado temporariamente o Windows Defender e depois reativado, como eu suspeitava que poderia ser causado por MsMpEng.exe.