Se você estiver familiarizado com o código, poderá usar o método user32.dll "SetForegroundWindow": link
Você poderia então mudar a janela para a nova quando ela abrir? Há um exemplo de pInvoking do código gerenciado no site MS. Basta mudar o código para os detalhes. link
Os comutadores CLI suportados para o Internet Explorer podem ser encontrados aqui (não parece que haja um que ajude você): link