O RAID1 manipula a degradação normalmente. A única coisa que você precisa se preocupar quando se está degradado é, o que acontece se o segundo disco morrer? Fora isso, você pode executar degradado indefinidamente. O desempenho de leitura pode diminuir até o ponto em que a máquina anteriormente conseguiu atender às leituras de ambos os discos. O desempenho de gravação pode melhorar um pouco.
O desempenho do RAID5 cai substancialmente no modo degradado (mas o RAID5 precisa de 3 discos, na verdade). Isso se deve aos cálculos de paridade e leituras extras necessárias para reconstruir os dados no disco ausente.
Não há razão para parar o que você está fazendo para substituir um disco, a propósito. Os gabinetes de troca a quente da SATA são razoavelmente baratos. Além disso, em ambientes em que a confiabilidade é muito importante, é possível usar hot spares (discos extras na máquina que são colocados automaticamente na matriz se um disco falhar) - isso é mais comum na empresa.