ASCII ou MusicXML podem ser bons, pois são textos simples. Eu suspeito que, se eles forem criados por pessoas diferentes, quase tudo será diferente.
Eu exportaria ambos como ascii para começar, e então apenas executaria
diff file1.txt file2.txt
para comparar. Se você não tem as ferramentas UNIX padrão disponíveis por qualquer motivo, então eu acredito dc.exe está disponível para o Windows.