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Primeiro, você precisa verificar se o arquivo está marcado como executável.
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No Raring Nautilus (o gerenciador de arquivos), por padrão, abre arquivos de texto no gedit, mesmo que estejam marcados como executáveis.
Para alterar isso No menu "Arquivo", selecione as preferências e, em seguida, a guia "Comportamento"
Agora altere "Arquivos de texto executáveis" para "Executar" ou "Perguntar a cada vez" como preferir.
Você só precisa fazer isso uma vez.